Pemerintah memberikan beberapa fasilitas PPN bagi Wajib Pajak, antara lain fasilitas PPN tidak dipungut dan PPN dibebaskan. Pemberian fasilitas tersebut diperlukan terutama untuk mendorong sektor kegiatan ekonomi yang berprioritas tinggi dalam skala nasional, mendorong ekspor yang merupakan prioritas nasional di kawasan tertentu atau tempat tertentu, mendorong perkembangan dunia usaha dan meningkatkan daya saing, membantu dalam penanganan bencana alam nasional dan bencana nonalam nasional, serta memperlancar pembangunan nasional.

Penyerahan yang PPN-nya dibebaskan dan PPN-nya tidak dipungut pada dasarnya adalah penyerahan objek yang terutang PPN atau memenuhi syarat untuk dikenakan PPN, tetapi karena alasan tertentu menjadi dibebaskan dari pengenaan PPN atau tidak dipungut PPN, sehingga pembeli barang atau penerima jasa tidak perlu membayar PPN.

Meskipun sering dianggap sama, namun kedua fasilitas PPN tersebut memiliki perbedaan. Berikut perbedaan antara fasilitas PPN tidak dipungut dan PPN dibebaskan: